Phycocyanin er en karakteristisk lyseblå farve, der absorberer orange og rødt lys, især nær 620 nm (afhængigt af hvilken specifik type det er) og udsender fluorescens ved ca. 650 nm (også afhængigt af hvilken type det er). Allophycocyanin absorberer og udsender ved længere bølgelængder end phycocyanin C eller phycocyanin R.