Både Consensus og Pan PCR følger den samme rutineprocedure. Imidlertid er nøgleforskellen mellem konsensus-PCR og Pan-PCR baseret på de primermål, hver procedure bruger. Mens konsensus-PCR altid er målrettet mod konserverede regioner, retter en Pan PCR sig mod variable regioner for at identificere forskellige stammer fra en gruppe.